Zwei Jahre lang hat Nina Kusturica jugendliche Flüchtlinge aus Afrika und Zentralasien nach ihrer Ankunft in Österreich begleitet – wobei es zu den Stärken von „Little Alien“ zählt, dass dieses Begleiten nicht bloßes Dokumentieren mit einer Kamera ist, sondern sich durch die Präsenz einer interessierten, mitfühlenden und weiterdenkenden Regisseurin auszeichnet.
Bereits während der Vorrecherche wurde Kusturica klar, dass zu diesem Thema nur ein Dokumentarfilm möglich ist, denn „wenn ich solche Szenen in ein Drehbuch schreibe, glaubt mir das niemand.“ Der Film erzählt von der Absurdität österreichischer Behördenwege, auf deren undurchsichtigen bis unmenschlichen Pfaden die Jugendlichen Untersuchungen über sich ergehen lassen müssen, um ihr „wahres“ Alter festzustellen, und Befragungen von Beamten durchzustehen haben, deren Motto „im Zweifel gegen den Flüchtling“ zu lauten scheint. Kusturica verfolgt die Spuren der Mädchen und Jungen auch zurück, recherchiert an jenen Außengrenzen Europas, an denen die Hoffnungen und Chancen der Jugendlichen auf ein besseres Leben beginnen, nicht ahnend, dass sie bereits hier auf Wärmepunkte zahlreicher Infrarot-Überwachungskameras reduziert werden. Kusturicas Film hat gesamteuropäische Politik im Blickfeld, ohne dabei das Augenmerk von den Jugendlichen, ihren individuellen Leben und auch mal ihrem Jungsein zu nehmen.